北海道・東北
JR留萌本線（留萌〜石狩沼田間）平成28年12月5日増毛〜留萌間廃止、令和5年4月1日留萌〜石狩沼田間廃止
北海道ちほく高原鉄道(池田〜北見)平成18年4月21日廃止
JR江差線（五稜郭〜江差間）平成26年5月12日木古内〜江差間廃止、平成28年3月26日五稜郭〜木古内間道南いさりび鉄道に移管
くりはら田園鉄道（石越〜細倉マインパーク前）平成19年4月1日廃止
JR東北本線（青森〜八戸）現青い森鉄道平成14年12月1日廃止
十和田観光電鉄（三沢〜十和田市）平成24年4月1日廃止
ＪＲ岩泉線（茂市〜岩泉）平成26年4月1日廃止
JR札沼線（北海道医療大学〜新十津川駅間） 令和2年5月7日廃止
石勝線夕張支線（新夕張〜夕張）平成31年4月1日廃止
日高本線（鵡川〜様似駅間）令和3年4月1日廃止
根室本線（富良野〜新得駅間） 令和６年４月１日廃止
関東・甲信越
日立電鉄（常北太田〜鮎川）平成17年4月1日廃止
鹿島鉄道（鉾田〜石岡）平成19年4月1日廃止
茨城交通湊線（勝田〜阿字ヶ浦）平成20年4月1日ひたちなか海浜鉄道に移管
長野電鉄屋代線（屋代〜須坂）平成24年4月1日廃止
JR信越本線（長野〜直江津）平成27年3月14日しなの鉄道北しなの線、えちごトキめき妙高はねうまラインに移管
中部・北陸
JR富山港線（富山〜岩瀬浜）平成18年3月1日廃止、同年4月29日富山ライトレール運営開始
のと鉄道（穴水〜蛸島間）平成17年4月1日廃止
神岡鉄道（猪谷〜奥飛騨温泉口）平成18年12月1日廃止
JR北陸本線（直江津〜金沢間）平成27年3月14日えちごトキめき鉄道、あいの風とやま鉄道、ＩＲいしかわ鉄道に移管
西日本
三木鉄道（厄神〜三木）平成20年4月1日廃止
島原鉄道南目線（島原外港〜加津佐）平成20年4月1日廃止