

JR北海道
| 石勝線(南千歳〜新得) | |
| 石勝線夕張支線(新夕張〜夕張)平成31年4月1日廃止 | |
| 千歳線支線(新千歳空港駅) | |
| 日高本線(苫小牧〜鵡川)令和3年4月1日鵡川〜浦河駅間廃止 | |
| 室蘭本線(岩見沢〜苫小牧間) | |
| 江差線(五稜郭〜木古内)平成26年5月12日 木古内〜江差間廃止、平成28年3月26日五稜郭〜木古内駅間道南いさりび鉄道に移管 | |
| 留萌本線(深川〜石狩沼田駅)平成28年12月5日 留萌〜増毛間廃止、令和5年4月1日留萌〜石狩沼田駅間廃止 | |
| 札沼線(石狩当別〜新十津川間) 令和2年5月7日北海道医療大学〜新十津川間廃止予定→令和2年4月24日最終運行予定→令和2年4月17日最終運行 | |
| 根室本線(滝川〜新得間) 令和6年4月1日富良野〜新得駅間廃止 | |
JR東日本
JR東海
| 御殿場線(国府津〜沼津) | |
| 身延線(富士〜甲府) | |
| 飯田線(豊橋〜辰野) | |
| 中央本線(塩尻〜中津川間) | |
| 太多線(多治見〜美濃太田) | |
| 東海道本線赤坂支線(大垣〜美濃赤坂) | |
| 高山本線(岐阜〜富山) | |
| 名松線(松阪〜伊勢奥津) | |
| 参宮線(多気〜鳥羽) |
JR西日本
| 北陸本線(直江津〜金沢駅間)平成27年3月14日移管 | |
| 北陸本線(金沢〜敦賀駅間) | |
| 七尾線(津幡〜和倉温泉) | |
| 大糸線(糸魚川〜南小谷) | |
| 氷見線(氷見〜高岡) | |
| 城端線(高岡〜城端) | |
| 越美北線(福井〜九頭竜湖) | |
| おおさか東線(久宝寺〜放出) | |
| 因美線(鳥取〜東津山) | |
| 三江線(江津〜三次) | |
| 木次線(宍道〜備後落合) |
JR四国
| 土讃線(琴平〜阿波池田間のみ) | |
| 高徳線(池谷〜徳島間のみ) | |
| 徳島線(佃〜佐古) | |
| 鳴門線(池谷〜鳴門) | |
| 牟岐線(徳島〜海部) |
JR九州
| 肥薩線(八代〜隼人) | |